Encadrement des arrêts maladie au 1er septembre 2026 : limitation des durées de prescription et formalisation médicale

1. Une réforme majeure de la dépense de santé publique

Entrant en application ce mardi 1er septembre 2026, une disposition réglementaire d'envergure issue de la Loi de Financement de la Sécurité Sociale (LFSS) vient encadrer les conditions de délivrance des arrêts de travail par les professionnels de santé habilités. Destinée à enrayer la hausse continue des indemnités journalières versées par l'Assurance Maladie, cette mesure plafonne la durée maximale d'une première prescription ainsi que celle des prolongations successives. 

L'Assurance Maladie et le ministère de la Santé entendent ainsi rationaliser les prescriptions, inciter à une réévaluation médicale régulière de l'état du patient et renforcer la lutte contre les arrêts de complaisance ou de durée injustifiée.

2. Le nouveau barème des durées de prescription obligatoire

Dès ce 1er septembre, médecins généralistes, spécialistes, chirurgiens-dentistes et sages-femmes doivent impérativement se conformer à une double contrainte calendaire lors de l'établissement du cerfa d’arrêt de travail :

• Première prescription d'arrêt de travail : Sa durée initiale ne peut plus excéder 31 jours. Un médecin ne peut plus prescrire d'emblée un arrêt d'une durée supérieure pour un premier épisode pathologique ordinaire. 
• Prolongation d'arrêt de travail : Chaque reconduction de l'arrêt est désormais plafonnée à une durée maximale de 62 jours. 
• Procédure de dérogation motivée : Pour les affections de longue durée (ALD), les pathologies oncologiques lourdes ou les traumatismes graves nécessitant une immobilisation prolongée, le praticien conserve la possibilité d'outrepasser ces plafonds. Néanmoins, il doit obligatoirement compléter un volet de justification médicale circonstanciée dans le dossier médical partagé (DMP) télétransmis à la Sécurité sociale. 

3. Conséquences pour les praticiens, les assurés et les entreprises

L'entrée en vigueur de cette réforme suscite de profonds changements opérationnels :

• Pour le corps médical : Les professionnels de santé doivent adapter leurs logiciels de télétransmission et accorder davantage de temps de consultation pour le renouvellement et le suivi clinique des patients en arrêt prolongé. 
• Pour les salariés et assurés sociaux : La fin de la reconduction tacite ou sans réévaluation signifie que les patients devront consulter plus régulièrement leur médecin traitant pour faire valider la poursuite de leur arrêt, sous peine de suspension de l'indemnisation par la Sécurité sociale et l'employeur.
• Pour les employeurs et services de santé au travail : Les entreprises disposeront d'un suivi plus fin des motifs d'absence, tout en devant gérer une fréquence accrue de retours ou de renouvellements administratifs.

4. Objectifs budgétaires et perspectives à moyen terme

L'État table sur une économie de plusieurs centaines de millions d'euros par an grâce au strict respect de ces plafonds de prescription. Les organismes de contrôle de la Sécurité sociale prévoient d'intensifier les contrôles aléatoires et ciblés dès cet automne 2026 pour vérifier le respect du nouveau cadre réglementaire par les prescripteurs.